Mauro Moggi ha iniziato l’attività di ricerca sotto la guida di Giuseppe Nenci, prima all’Università di Pisa (1967) e poi alla Scuola Normale Superiore, e l’attività di docente come professore incaricato di Storia greca (1974/5), presso l'Università di Urbino, dove, dopo aver vinto un concorso a cattedra, è stato chiamato (1981) come professore straordinario di Storia greca. Dal 1984 è stato professore ordinario di Storia greca presso l'Università di Siena.
Attualmente, a partire da novembre 2012, è in pensione.
I suoi interessi scientifici coprono le relazioni interstatali, con particolare riguardo per il fenomeno del synoikismos; i rapporti greco-persiani, la colonizzazione greca in Occidente in epoca arcaica e la colonizzazione ateniese; la complessa problematica dei rapporti dei Greci con l’"altro"; la storiografia, in primo luogo Tucidide e Pausania; la guerra, con riferimento speciale al complesso e discusso tema dell'oplitismo; la Politica di Aristotele e l’atteggiamento di Aristotele nei confronti della storia.
Fa parte del Collegio dei docenti del Dottorato di ricerca in Scienze dell’antichità, filologico-letterarie e storiche, della Scuola di dottorato in Culture classiche e moderne dell'Università degli studi di Genova.
E' socio fondatore e membro del Consiglio direttivo della S.I.S.A.C. (Società Italiana per lo Studio dell’Antichità Classica).
E’ stato membro della Giunta della C.U.S.G.R. (Consulta Universitaria della Storia Greca e Romana), con funzioni di Presidenza del settore di Storia Greca (I e II fascia).
E’ membro del Consiglio direttivo dell’Istituto Italiano per la Storia Antica (Roma).
Dirige la collana "Studi e testi di storia antica", presso la Casa Editrice ETS di Pisa, che conta attualmente 20 titoli pubblicati.
Dirige (con Lucio Bertelli) l’iniziativa scientifico-editoriale che prevede l’edizione della Politica di Aristotele con traduzione e commento presso «L’Erma» di Bretschneider - Roma (pubblicati per ora tre volumi, corrispondenti ai libri I-III).
È membro del Comitato Scientifico delle seguenti riviste: Incidenza dell’Antico – Napoli; Seminari Romani – Roma; Gerion – Madrid; hormos – Palermo.

Bibliografia (monografie):

• I sinecismi interstatali greci. I: Dalle origini al 338 a.C., Pisa 1976;
• Tucidide, La guerra del Peloponneso, con introduzione, traduzione e commento, Milano 1984;
• Schiavi e dipendenti nell'ambito dell'«oikos» e della «familia», a cura di M. Moggi e G. Cordiano, Pisa 1997;
• Pausania, Descrizione della Grecia. VII: L’Acaia, a cura di M. Moggi e M. Osanna, Milano 2000;
• Pausania, Descrizione della Grecia. VIII: L’Arcadia, a cura di M. Moggi e M. Osanna, Milano 2003;
• Antidoron. Studi in onore di Barbara Scardigli Forster, a cura di P. Desideri-M. Moggi-M. Pani, Pisa 2007;
• Pausania, Descrizione della Grecia. IX: La Beozia, a cura di M. Moggi e M. Osanna, Milano 2010;
• Aristotele, La Politica, Libro I, direzione di L. Bertelli e M. Moggi, a cura di G. Besso e M. Curnis, Roma 2011;
• Aristotele, La Politica, Libro II, direzione di L. Bertelli e M. Moggi, a cura di F. Pezzoli e M. Curnis, Roma 2012;
• Aristotele, La Politica Libro III, direzione di L. Bertelli e M. Moggi, a cura di P. Accattino e M. Curnis, Roma 2013;
• La polis e dintorni. Saggi raccolti in occasione del 75° compleanno, a cura di Stefano Ferrucci, Pisa 2017.