L'Istituto possiede una pregevole biblioteca, specializzata, tradizionalmente, nei seguenti settori: storia antica, classici greci e latini, epigrafia greca, epigrafia romana, archeologia. Questo patrimonio si è costituito negli anni, oltre che attraverso gli acquisti e gli scambi, grazie ad alcune importanti donazioni (Gaetano De Sanctis, Ettore Pais, Mario Segre, Gastone M. Bersanetti e Augusto Fraschetti).

Il Consiglio direttivo insediatosi nel 2004 ha ritenuto insostenibile, per ragioni di costi e di spazi, l'aggiornamento di una biblioteca "generalista" e ha ritenuto al tempo stesso poco razionale reiterare la disponibilità di periodici e libri presenti nelle numerose biblioteche romane dedicate alle scienze dell'antichità. Si è quindi deciso di coltivare soprattutto quei settori, specialmente la storia della storiografia moderna relativa al mondo antico e la fortuna dell'antico in età contemporanea (dalla Rivoluzione francese a oggi) che risultano meno rappresentati nelle biblioteche della Capitale. Il fondo "Fortuna dell'antico" della biblioteca è oggi particolarmente prezioso e originale, anche per la rarità di alcune acquisizioni.

Attualmente la biblioteca ha una dotazione libraria di circa 18.900 volumi.

(Bibliografia: A. Sabbi, in Il lettore ben informato: bollettino delle biblioteche del polo SBN IEI/Istituti culturali di Roma, a. 7, n. 2)