Già dalle prime riunioni del Consiglio emerse la necessità di trovare una sede adeguata al funzionamento dell'Istituto: i vari progetti di insediare l'Istituto a Villa Albani, o a Palazzo Falconieri oppure a Palazzo Farnese si presentarono, per diverse ragioni, inattuabili. Nell'adunanza del 13 luglio 1935, Pietro De Francisci, pur non nascondendo le scarse possibilità di successo, avanzò l'ipotesi di rivolgersi al Governatorato per ottenere l'assegnazione di Palazzo Rivaldi, sull'allora via dell'Impero. Venuta meno anche questa ipotesi e dopo aver considerato varie soluzioni, il Consiglio dell'Istituto affidò l'incarico a Giuseppe Cardinali di interessare il Ministro dell'Educazione Nazionale (adunanza del 18 giugno 1937 - XV).

In coincidenza con il trasferimento dall'area del Viminale degli Istituti scientifici e medici dell'Università La Sapienza nella nuova sede della Città Universitaria, si resero liberi i locali già sede dell'Istituto di Botanica in via Milano e così, nel 1938, alcune sale poste al pianterreno furono destinate all'Istituto italiano per la storia antica.

Nel 2004, con l'insediamento dell'attuale Consiglio direttivo e con l'apertura al pubblico (biblioteca, archivio, conferenze, seminari), la sede dell'Istituto è stata adeguata, negli spazi e nelle attrezzature, alle nuove esigenze della vita culturale.

(Bibliografia per la storia del complesso di via Milano: Istituto centrale per il restauro e la conservazione del patrimonio archivistico e librario, La storia dell'Orto e dell'Istituto Botanico a Panisperna. Segni e disegni della "cittadella della scienza" a Roma prima dell'Istituto di Patologia del libro, Roma 2018)